Caso utilize o Gerencianet para geração de cobrança, esta opção te permite visualizar, imprimir e excluir os carnês gerados.
Para encontrar ou excluir um carnê basta ir na Barra de Menus e clicar em COBRANÇA > CONTROLE CARNÊ
Ao abrir a página de busca, filtre a Data de Geração e clique em PESQUISAR. Encontre o carnê desejado e clique em IMPRIMIR ou EXCLUIR.